Tiro algunas ideas sin mucho orden:
Para decidir qué te conviene o gusta más, andá a ver como quedan terminadas la prefabricada y la de carpintero.
Agregaría que hay tener muy en cuenta todos los "extras" o no incluidos que nos va a costar la obra total. Algunas cosas se deben hacer ni bien terminás la casa: el piso, por ejemplo. También la pintura y el preservador insecticida para protegerla -tené en cuenta que al toque tendrás que pintar!.
Otra cosa que hay que tener en cuenta para decidir son los costos de las instalaciones sanitarias y eléctricas. También mirá las marcas de los materiales que te ofrezcan.
Averiguar bien qué incluye la obra por escrito en lo posible.
Las prefabricadas incluyen a veces por promoción, los artefactos del baño, o los pisos, entonces si tenés un costo final, podrás saber qué te conviene más.
Por otro lado los carpinteros constructores te ofrecen "llave en mano" (y te sacuden) o vos podés pautar la obra como quieras.
No creo que haga falta aclarar pero por las dudas... no termines de pagar si no terminaron la casa... digamos, dejá un resto importante como para presionar al carpintero jaja.
Yo me armé un escrito con todo lo que quedaba incluído en el precio, tipo contrato, para que no quedara duda para nadie lo que estaba incluído y lo que no. Y no tuvimos problema alguno. Todo se cumplió lo más bien.
Al final te garantizo que la casita (sea la que sea) va a ser la más hermosa del mundo, porque va a ser la tuya! ¿no es cierto?
Mucha suerte!